I medicinali non solo devono essere usati in maniera corretta, ma devono essere smaltiti in maniera appropriata. In discarica, infatti, mischiati alla spazzatura domestica, possono dar luogo ad emanazioni tossiche e possono inquinare il percolato (il liquido che si accumula sul fondo della discarica). La parte del prodotto pericolosa è quella costituita dai principi attivi. La presenza di antibiotici nei rifiuti, ad esempio, può favorire la selezione di ceppi di microbi e virus assai pericolosi. E’ per questo motivo che i farmaci scaduti non devono essere gettati nei normali cassonetti, ma collocati negli appositi contenitori presso le farmacie e le isole ecologiche.
Lo smaltimento dei farmaci scaduti avviene attraverso la termodistruzione, oppure attraverso la loro inertizzazione in contenitori ermetici.